10 września 2005 roku “Wisła-Azoty” Puławy zadebiutowała w ekstraklasie piłki ręcznej. Podopieczni Bogdana Kowalczyka zostali przed sezonem wzmocnieni m.in. powracającym do Puław znakomitym, doświadczonym skrzydłowym, wychowankiem puławskiej Wisły – Robertem Nowakowskim, a także młody zawodnikiem z Płocka – Sebastianem Rumniakiem. To właśnie ten ostatni był najskuteczniejszym graczem w pierwszym występie puławian w najwyższej klasie rozgrywkowej, zdobywając 1/3 goli dla beniaminka. Niestety pierwszy kontakt z ekstraklasą był zimnym prysznicem, bowiem w Lubinie ekipa z Puław wyraźnie uległa Zagłębiu. Jednak już tydzień później w pierwszym meczu przed własną publicznością Azotowcy pewnie pokonali AZS AWFiS Gdańsk notując swoje pierwsze zwycięstwo.
Wyniki meczów “Wisły-Azoty” w fazie zasadniczej
| MBM Zagłębie Lubin – KS Wisła-Azoty Puławy | 38:24 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KS AZS AWFiS Gdańsk | 32:23 |
| KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. – KS Wisła-Azoty Puławy | 28:39 |
| OKPR Traveland-Społem Olsztyn – KS Wisła-Azoty Puławy | 29:28 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KS Vive Kielce | 25:33 |
| AMD Chrobry Głogów – KS Wisła-Azoty Puławy | 30:19 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – GKS Olimpia Piekary Śląskie | 26:24 |
| Wisła Płock S.A. – KS Wisła-Azoty Puławy | 33:26 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KPR Miedź Legnica | 24:25 |
| AS-BAU Konsalnet Śląsk Wrocław – KS Wisła-Azoty Puławy | 39:21 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – MMTS Kwidzyn | 19:22 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – MBM Zagłębie Lubin | 28:30 |
| KS AZS AWFiS Gdańsk – KS Wisła-Azoty Puławy | 26:28 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. | 28:29 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – OKPR Traveland-Społem Olsztyn | 23:22 |
| KS Vive Kielce – KS Wisła-Azoty Puławy | 27:25 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – AMD Chrobry Głogów | 24:31 |
| GKS Olimpia Piekary Śląskie – KS Wisła-Azoty Puławy | 24:20 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – Wisła Płock S.A. | 22:25 |
| KPR Miedź Legnica – KS Wisła-Azoty Puławy | 27:27 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – AS-BAU Konsalnet Śląsk Wrocław | 32:22 |
| MMTS Kwidzyn – KS Wisła-Azoty Puławy | 32:25 |
Tabela po fazie zasadniczej
| 1 | Wisła Płock S.A. | 22 | 20 | 0 | 2 | 693 | 574 | 40 |
| 2 | KS Vive Kielce | 22 | 18 | 1 | 3 | 726 | 576 | 37 |
| 3 | AMD Chrobry Głogów | 22 | 18 | 0 | 4 | 632 | 557 | 36 |
| 4 | MBM Zagłębie Lubin | 22 | 14 | 1 | 7 | 665 | 604 | 29 |
| 5 | MMTS Kwidzyn | 22 | 11 | 1 | 10 | 602 | 573 | 23 |
| 6 | AS-BAU Konsalnet Śląsk Wrocław | 22 | 8 | 4 | 10 | 605 | 624 | 20 |
| 7 | GKS Olimpia Piekary Śląskie | 22 | 9 | 0 | 13 | 554 | 561 | 18 |
| 8 | OKPR Traveland-Społem Olsztyn | 22 | 8 | 1 | 13 | 583 | 633 | 17 |
| 9 | KS Wisła-Azoty Puławy | 22 | 6 | 1 | 15 | 565 | 619 | 13 |
| 10 | KS AZS AWFiS Gdańsk | 22 | 5 | 2 | 15 | 563 | 644 | 12 |
| 11 | KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. | 22 | 5 | 0 | 17 | 597 | 686 | 10 |
| 12 | KPR Miedź Legnica | 22 | 4 | 1 | 17 | 556 | 690 | 9 |
Część zasadniczą sezonu puławianie zakończyli na 9 miejscu i z najlepszym bilansem przystępowali do walki o utrzymanie. Trzy wygrane i trzy porażki sprawiły, że do ostatniego meczu Azotowcy czekali na rozstrzygnięcia. Do ostatniego gwizdka trwała walka w Gdańsku, gdzie akademicy podejmowali Piotrkowianina. Aby puławianie mogli się utrzymać, pewni pozostania w ekstraklasie gracze Kipera nie mogli nad Morzem przegrać. Na szczęście dla Azotów zremisowali, pomagając zespołowi z Puław w pozostaniu w najwyższej klasie rozgrywkowej.
o miejsca 9-12
| KS Wisła-Azoty Puławy – KS AZS AWFiS Gdańsk | 31:27 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. | 27:31 |
| KPR Miedź Legnica – KS Wisła-Azoty Puławy | 21:30 |
| KS AZS AWFiS Gdańsk – KS Wisła-Azoty Puławy | 34:27 |
| KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. – KS Wisła-Azoty Puławy | 26:25 |
| KS Wisła-Azoty Puławy – KPR Miedź Legnica | 32:22 |
Końcowa tabela
| 9 | KS Piotrkowianin-Kiper Piotrków Tryb. | 28 | 10 | 1 | 17 | 787 | 858 | 21 |
| 10 | KS Wisła-Azoty Puławy | 28 | 9 | 1 | 18 | 737 | 780 | 19 |
| 11 | KS AZS AWFiS Gdańsk | 28 | 8 | 3 | 17 | 751 | 812 | 19 |
| 12 | KPR Miedź Legnica | 28 | 4 | 1 | 23 | 701 | 883 | 9 |
Najskuteczniejszym zawodnikiem “Wisły-Azoty” był w debiutanckim sezonie w klubu w najwyższej klasie rozgrywkowej Robert Nowakowski, który w 28 meczach zdobył 127 goli. Był to jedenasty wynik wśród najlepszych strzelców ekstraklasy.
W pierwszym sezonie w Ekstraklasie zespół prowadziło dwóch trenerów. Do końca 2005 roku I trenerem był Bogdan Kowalczyk (asystentem Piotr Dropek). Od 1 stycznia 2006 roku szkoleniowcem I zespołu został Edward Koziński, a II trenerem – Robert Nowakowski.
